Bernaung di bawah Jabatan Perpustakaan pada tahun 2002 di Pandan Indah Penerbit USIM memulakan langkah awal dalam dunia penerbitan buku (ketika itu dikenali sebagai KUIM). Ketika ini juga segala penerbitan dipantau oleh Pustakawan USIM. Pada tahun yang sama juga sebuah tajuk buku berjaya diterbitkan dengan tajuk Abd Kadir Al-Jilani. Seterusnya apabila USIM mendapat seorang Pegawai Penerbitan pada Februari 2003, ia distrukturkan kembali di bawah Canselori, menjadikan ia unit yang berasingan, bukan lagi di bawah Jabatan Perpustakaan.
Meneruskan langkah untuk pemantapan penerbitan, sekali lagi Unit Penerbitan distrukturkan kembali di bawah Pusat Pengurusan & Teknologi Maklumat (PPITM). Selepas hampir 11 tahun beroperasi, pada tahun 2011, Unit Penerbitan akhirnya ditransformasikan kepada Bahagian Penerbitan menjadi PTJ tersendiri dengan struktur-struktur yang lebih teratur dan mantap. Dengan kewujudan Seksyen Editorial, Seksyen Pentadbiran, Seksyen Multimedia dan Seksyen Pemasaran, pembahagian kerja dapat dilakukan dengan lebih teratur dan tersusun. Berpandukan kepada USIM KRA ketiga iaitu Membangun dan memupuk serta melahirkan cendekiawan dan pendeta yang tersohor serta KRA 5 iaitu Mencapai tahap kebebasan kewangan, BP bergerak untuk mencapai matlamat tersebut.
Sehingga kini jumlah penerbitan telah mencapai 130 tajuk buku dalam pelbagai bidang seperti sosial sains, syariah dan undang-undang, perubatan, Quran & sunah serta sains dan teknologi. Apa yang menarik, penerbitan buku di BP USIM merupakan integrasi antara ilmu akli dan naqli. Lebih dari itu, di bawah naungan bersama dan juga ahli MAPIM-Majlis Penerbitan Ilmiah Malaysia, BP juga bergiat aktif dalam pelbagai pameran di serata negeri termasuklah di Pesta Buku Antarabangsa K. Lumpur yang diadakan saban tahun dan menjadi acara kemuncak jualan buku di BP. BP mempunyai visi pada masa depan agar BP boleh berbangga bukan sahaja dari segi kualiti tetapi juga kuantiti setanding dengan penerbit IPTA lain.